Während seines Studiums an der FU Berlin war Burkhard Matthes im Bereich der Gastroenterologischen Abteilung des Universitätsklinikum Benjamin Franklin forschend, und in den Krankenhäusern Urban, Heckeshorn und Behring praktisch tätig. Er zählt zu den Mitbegründern des Forschungsinstituts Havelhöhe. Als Facharzt für Innere Medizin sind seine Schwerpunkte in der Onkologie und der Pneumologie zu finden. Burkhard Matthes engagiert sich in der Vertreterversammlung der KV Berlin.